南宋末年，江南少年杨过自小父母双亡，被父亲生前结义兄弟、江湖上有名的大侠郭靖送到天下道教正宗的全真教去学武。全真教教规森严，天性叛逆的杨过在教中吃尽苦头，忍无可忍，终于逃出全真教。被活死人墓中的小龙女收留为徒。师徒二人在墓中一起练武、一起长大，渐生情愫。全真教道士甄志丙（旧版为尹志平）迷恋小龙女美色将其奸污。小龙女愤而离开活死人墓。杨过懵然无知，四处寻找小龙

杨康的儿子杨过（古天乐 饰）自小被郭靖收养，郭靖希望他学好，于是送到了桃花岛跟黄药诗学习。杨过在桃花岛上整日被郭芙和大、小武欺负，一气之下独自出走了。杨过被古墓派的小龙女（李若彤 饰）收留，认她作姑姑，生活在活死人墓里跟小龙女学习武功，日久天长，两人渐渐互生情愫，决定今生今世结成夫妻，永远生活在古墓。可惜机缘巧合下，他们最终要走出活死人墓，去经历一番江湖恩怨，两人最后能否有情人终成眷属？

杨康之子杨过自幼流落江湖，被故人郭靖收留后又送到了全真教磨练。叛逆的杨过忍受不了折磨，逃出全真教误入古墓派，被小龙女收留，授以武功。后因李莫愁攻入古墓而面临生死，二人由师徒之谊发展成了刻骨铭心的爱恋。因为蒙古铁骑即将南下，郭靖等人等难以匹敌，关键时刻，小龙女和杨过无意中卷入纷争，打败金轮国师。但好事多磨，杨过与小龙女多次聚散，在经历了武林大会、襄阳鏖兵，绝情幽谷等等险境后，更有十六年的生离死别。痴情的杨过终于在绝情谷底找到了大难不死的小龙女，二人重返世间。此时蒙古正调集人马，猛攻襄阳，杨过击败了金轮法王，并以飞石击毙了蒙古皇帝蒙哥，为襄阳保卫战的胜利立下首功，战事结束，杨过小龙女告别郭靖等人，带着神雕，悠然远去……

该剧根据金庸原著《神雕侠侣》改编。杨过（任贤齐饰）原是个市井中的小混混，相依为命的母亲去世后，他无意间结识了父亲的故人：大侠郭靖（孙兴饰）和黄蓉（夏文汐饰）夫妇，遂跟随他俩一起去了桃花岛，从此开始了他坎坷而又充满传奇的一生。　桀骜不驯的杨过并不受黄蓉的疼爱，和郭靖之女郭芙（季芹饰）的关系形同水火；被郭靖送去全真教习武后又受到百般严苛折磨；直到杨过拜古墓派传人小龙女（吴倩莲饰）为师，后者虽然一开始冷若冰霜，但在杨过的感染下，也渐渐卸下防备，袒露真心。就在两人最幸福之际，他们师徒相恋的关系却在武林中掀起轩然大波……两人的恋情开始受到阻挠，这对有情人也经历了种种世上最坎坷的考验。

经历千辛万苦，郭靖（郭追 饰）和黄蓉（黄淑仪 饰）终于回到桃花岛，然岛上已是一片肃杀景象。二人发现，黄蓉母亲的墓穴被人打开，江南七怪染血其中，死状凄惨。根据现场留下的线索以及大师傅飞天蝙蝠柯镇恶的证言，郭靖认准是黄老邪杀死了几位师傅，遂不顾黄蓉劝阻，与全不知情的黄老邪刀剑相向。另一方面，西毒欧阳锋和杨康亦在岛上出现，聪慧的黄蓉在铁枪庙戳穿二人的阴谋，并揭发杨康毒害欧阳锋之侄的真相。杨康恼羞成怒，攻击黄蓉时不慎中毒身亡。穆念慈万念俱灰，将尚在襁褓的幼子托付给黄蓉后亦随杨康而去。 十多年后，杨康之子杨过（傅声 饰）已长大成人。黄蓉恐其步杨康后尘，拒不授其武功。负气出走的杨过偶然在铁枪庙遇见因练九阴真经走火入魔的欧阳锋，于是随西毒学会了蛤蟆神功，更无意中知晓了自己的身世……